همگرایی دو فناوری برای بهبود توالی یابی

تاریخ : ۱۱ آذر ۱۳۹۸

تعداد بازدید : ۵۱۵

0 امتیاز از 0 رای
نسخه چاپی
موضوعات :

شرکت ویل کورنل مدیسین و شرکت آکسفورد نانوپور با به اشتراک گذاری و ترکیب فناروی ها خود اقدام به ارتقاء فناوری توالی یابی کردند.

شرکت آکسفورد نانوپور با همکاری شرکت ویل کورنل مدیسین فناوری جدیدی به نام پورسی (Pore-C) به منظور توالی‌یابی کروماتین‌ها ارائه کرده است.

این شرکت به تازگی گزارشی منتشر کرده که در آن توضیحاتی درباره فناوری پورسی ارائه شده است، فناوری که در واقع یک روش توالی‌یابی نانویی بوده که در آن از نانوحفره برای توالی‌یابی استفاده می‌شود. در این محصول، فناوری نانوحفره شرکت آکسفورنانوپور با  فناوری گیراندازی پیکربندی کروماتین شرکت ویل کورنل مدیسین (Weill Cornell Medicine) ترکیب شده است. با استفاده از این دستگاه می‌توان به صورت مستقیم و بدون نیاز به تقویت‌سازی، کروماتین چندطرفه را توالی‌یابی کرد.

نویسنده مقاله مربوطبه این فناوری می‌گوید: «ژنوم سه بعدی می‌تواند روی تنظیم ژن تاثیرگذار باشد و ما در درک برخی از این برهمکنش‌ها با روش‌های ترکیب کورموزوم که از بازخوانی مولکولی ( برای مثال با توالی‌یابی یا PCR) استفاده می‌کنند، برای نقشه‌برداری از کروماتین استفاده کردیم. به نظر می‌رسد که اثر متقابل جفتی کافی نیست، با افزایش ژنوم بسیاری از نقاط DNA ممکن است بر بیان ژن تاثیر بگذارد. شناسایی چنین مجتمع‌هایی از کروماتین با مرتبه بالا ممکن است برای نشان دادن پیوند بین ساختار ژنوم و عملکرد ضروری باشد.»

گیراندازی پیکربندی کروماتین جفت شده با استفاده از خوانش نانوحفره به این معناست که چندین تماس را می‌توان با استفاده از یک خوانش پوشش داد و اطلاعات چند منظوره و مرتبه بالاتری را ارائه داد. نویسندگان این مقاله مدعی هستند که پورسی ساده‌ترین و مقیاس‌پذیرترین روش برای ارزیابی برهمکنش‌های ترکیبی کروماتین است و از آن می‌توان برای بازسازی چیدمان ژن‌های سرطان استفاده کرد.

پورسی از فناوری‌های موجود کارآمدتر بوده و اطلاعات رمزگذاری شده در آن می‌توان برای چیدمان ژنوم صحیح و کمک به بازسازی و بازآرایی پیچیده مگابازهای مختلف و کروموزم‌ها استفاده کرد. این فناوری اطلاعات عمیق‌تر از ژنوم سه بعدی و تاثیر آن برای تنظیم بیان ژن ارائه می‌دهد.

با حذف PCR، این روش می‌تواند خطای توالی‌یابی را به حداقل برساند و بینش بیشتری درباره ژنوم به‌دست آورد.

 

منبع : http://www.bio-itworld.com/2019/11/14/oxford-nanopore-develops-pore-c-couples-chromatin-conformation-capture-with-long-read-tech.aspx

نظر شما