استفاده از توالی‌یابی برای مقابله با عفونت خونی

تاریخ : ۲۱ آبان ۱۳۹۹

تعداد بازدید : ۲۱۵

0 امتیاز از 0 رای
نسخه چاپی
موضوعات :

پژوهشگران آلمانی موفق شدند با استفاده از توالی‌یابی، پلتفورمی برای تعیین سریع عفونت خونی ارائه کنند. با این کار تشخیص سریع عامل‌بیماری‌زا امکان‌پذیر می‌شود.

محققان موسسه Fraunhofer IGB برای اطمینان از اینکه بیماران مبتلا به عفونت خونی هرچه سریع‌تر آنتی‌بیوتیک مناسب دریافت می‌کنند، یک روش تشخیصی جدید ارائه کرده‌اند که در آن از توالی‌یابی نمونه‌های خون با کارایی بالا استفاده شده است. یافته‌های محققان نشان می‌دهد که در این روش نتایج بسیار سریع‌تر از روش‌های معمولی مبتنی بر کشت به دست می‌آید.

 

 به مدد جدیدترین روش‌های تعیین توالی تک مولکولی، فرآیند تشخیص عفونت خونی در حال حاضر بهبود بیشتری پیدا کرده به طوری که پس از چند ساعت عوامل بیماری‌زا را می‌توان شناسایی کرد.

 

 این روش در حال حاضر در قالب یک پروژه تحقیقاتی در چند مرکز تحقیقاتی، روی چند صد بیمار در حال آزمایش است. گندیدگی که از آن به عنوان مسمومیت خونی نیز یاد می شود، یک بیماری بسیار خطرناک است که ناشی از تکثیر کنترل نشده عوامل بیماری‌زا نظیر باکتری، ویروس یا انگل در خون است. فقط در آلمان، عفونت خونی عامل مرگ60،000 نفر در سال است و این روند در حال افزایش است.

 

در این بیماری با شناسایی سریع نوع پاتوژن،  شانس موفقیت درمان بیشتر می‌شود. استفاده سریع آنتی‌بیوتیک کافی نرخ زنده مانده را به طور قابل توجهی افزایش می‌دهد.

 

 معمولا در بسیاری از بیمارستان‌ها پاتوژن‌های عفونت خونی را با استفاده از روش‌های کشت و میکروب‌شناسی تشخیص می‌دهند. عوامل بیماری‌زا از نمونه‌های خون بیماران در آزمایشگاه جداسازی شده و سپس شناسایی می‌شوند. این روش محدودیت‌هایی  نظیر مدت زمان طولانی دو تا پنج روزه و همچنین نرخ تشخیص کم دارد. به طور کلی، این روش فقط در 10 تا 30 درصد موارد نتیجه مثبتی را ارائه می دهد، که مبنایی برای پزشک معالج در تصمیم گیری در مورد درمان است.

 

این پلتفرم جدید با عملکرد بالا که توسط محققان آلمانی ارائه شده می‌تواند شناسایی سریع و قابل اعتماد پاتوژن را انجام دهد. این گروه مدتی قبل یک روش تشخیصی جایگزین ارائه کرده بودند که می توانست انواع پاتوژن‌ها را با سرعت و اطمینان بالایی تشخیص دهد.

 

آنها از توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) DNA بدون سلول گردشی میکروبی خون (cfDNA)  بیماران استفاده کردند. نتایج نشان داد که میزان تشخیص آنها پنج تا شش برابر بهتر از روش‌های مبتنی بر کشت است.

 

این گروه در یک فرآیند سه مرحله‌ای شامل آماده‌سازی نمونه، توالی‌یابی و ارزیابی بیوانفورماتیک با الگوریتم‌های تشخیصی ویژه موفق شدند تا باکتری‌ها، ویروس‌ها یا قارچ‌ها را طی 24 تا 30 ساعت پس از جمع‌آوری نمونه خون بدون هیچ روش طولانی کشت شناسایی کنند.

 

این روش نه تنها ماهیت زیستی پاتوژن، بلکه مقاومت آن در برابر آنتی‌بیوتیک ها را نیز می‌تواند تعیین کند.

منبع : https://phys.org/news/2020-11-faster-diagnostics-nanopore-sequencing.html

نظر شما