استفاده از بیوانفورماتیک برای مطالعه تنوع شیمیایی قارچ‌ها

تاریخ : ۲۸ فروردین ۱۴۰۰

تعداد بازدید : ۱۹۴

0 امتیاز از 0 رای
نسخه چاپی
موضوعات :

پژوهشگران با استفاده از راهبرد بیوانفورماتیک به بررسی تنوع شیمیایی قارچ‌ها پرداختند تا از نتایج آن برای تولید مولکول‌های زیست‌فعال استفاده کنند.

قارچهای endophytic یکی از گزینه‌های امیدوار کننده برای تولید مولکول‌های کوچک فعال زیستی هستند. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نشان می‌دهد که این قارچ‌ها توانایی بالایی در تولید متابولیت های ثانویه دارد.

 

با این حال، این سویه عمدتا روبراتوکسین ها با عملکرد بالا در شرایط مختلف کشت تولید می کنند و احتمالا بیشتر خوشه های ژنی ساکت هستند. تلاش ها برای استخراج خوشه های ژنی رمزآلود در P. dangeardii ، از جمله تنظیم اپی ژنتیک و رویکرد یک سویه-چند ترکیبات (OSMAC) احتمالاً به دلیل عملکرد بالای روباراتوکسین ها شکست خورده است.

 

یک راهبرد در این میان، حذف ژن اصلی بیوسنتز روباراتوکسین همراه با بهینه سازی شرایط کشت است. با این کار چندین ژن خاموش فعال می‌شود تا سایر سنتازهای پلی کتیید (PKS) تولید شوند.

با این راهبرد محققان توانستند در مجموع 23 ترکیب جدید از جمله مونومرهای آزافیلون، دیمرها ، تریمرها با ساختارهای مارپیچی و هتروسیکل پل چند حلقه ای و همچنین سیدروفورها را شناسایی کنند.

 

برخی از این ترکیبات، سمیت سلولی قابل توجهی داشته، فعالیت ضد التهابی یا آنتی اکسیدانی از خود نشان دادند. خوشه های ژنی PKSs برای بیوسنتز آزافیلون‌ها با تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک و بیان بیش از حد یک فاکتور رونویسی مورد استفاده قرار گرفت. این تحقیق یک روش کارآمد برای استخراج تنوع شیمیایی قارچ‌های اندوفیت فراهم می کند.

 

نتایج این پروژه در قالب مقاله‌ای با عنوان Genome mining combined metabolic shunting and OSMAC strategy of an endophytic fungus leads to the production of diverse natural products در نشریه Acta Pharmaceutica Sinica B به چاپ رسیده است.

 

منبع : https://www.news-medical.net/news/20210408/Research-offers-an-efficient-approach-to-mine-the-chemical-diversity-of-endophytic-fungi.aspx

نظر شما